Existen oasis al pie de la Puna, por debajo de los 2.500 msnm, y se vinculan con los recursos acuíferos que bajan de la cordillera y afloran en los salares o en los débiles cursos de agua del desierto.
La vegetación cambia abruptamente con la altura. Ella está casi ausente sobre los 4.500 msnm —bajo los cuales crecen plantas en cojín— y a los 4.200 msnm comienza un estrato vegetacional de pastos de altura de los géneros Stipa y Festuca, hasta los 3.800 msnm. Luego y hasta los 3.000 hay una rica y variada cubierta de cactáceas y arbustos de los géneros Baccharis, Chuquiraga, Parastrephia, Adesmia, Fabiana, Acantholippia, (Villagrán et al. 1981), y se va raleando hasta los 2.700 msnm, donde domina el desierto absoluto que llega al mar. Las quebradas altas se cubren de plantas efímeras después de las lluvias estivales. El paisaje desértico bajo los 2.700 msnm está interrumpido por pocos oasis y vegas donde dominan los bosquecillos de algarrobo, tamarugo, (Prosopis chilensis), queñoa, churqui, alpataco y en mucha menor medida chañar (Geoffroea decorticans), son bastante frecuentes los cardones.
En las lagunas de altura muy alcalinas y en los géiseres (llamados localmente huaicos) existen organismos extremófilos como las algas que vinculadas a formaciones calcareas generan algunos de los pocos estromatolitos vivientes del mundo en la actualidad, tales estromatolitos se encuentran (por ejemplo) en la laguna Socompa a 4.000 msnm y cerca de Tolar Grande en seis "ojos de mar" (lagunas pequeñas pero profundas muy saladas) a 3600 metros sobre el nivel del mar (tal extraordinario hallazgo fue hecho úblico el 3 de septiembre de 2009 y se debe a un equipo del LIMLA del CCT Tucumán PROIMI dependiente del CONICET).
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